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上海中医药大学基础医学院（中医基础理论研究所）是院所合一的二级学院。学院承担全校各本科生、研究生的前期中、西医基础课程的教学任务。学院在开展中医学术史研究、中医四诊客观化研究、中医中药延缓衰老机理研究、中医防治亚健康研究、中医体质学研究等方面均取得可喜成绩，在中西医结合基础学科中创立了具有中医特色的经穴解剖学，其学术水平全国。