花单性或两性,有些品种在雄株上偶尔产生两性花或雌花,并结成果实,亦有时在雌株上出现少数雄花。植株有雄株,雌株和两性株。雄花:排列成圆锥花序,长达1米,下垂;花无梗;萼片基部连合;花冠乳黄色,冠管细管状,长1.6-2.5厘米,花冠裂片5,披针形,长约1.8厘米,宽4.5毫米;雄蕊10,5长5短,短的几无花丝,长的花丝白色,被白色绒毛;子房退化。
浆果肉质,成熟时橙黄色或黄色,长圆球形,倒卵状长圆球形,梨形或近圆球形,长10-30厘米或更长,果肉柔软多汁,味香甜;种子多数,卵球形,成熟时黑色,外种皮肉质,内种皮木质,具皱纹。花果期全年。
由于番木瓜幼苗生长缓慢,采取集中育苗不仅有利于提高温室利用率,也有利于管理和温湿度调控;由于番木瓜裸根移栽,易感染病害,成活率降低,所以大都采用营养钵育苗方法,一般选择直径12cm、高16~18cm的塑料营养钵,移栽时撕去即可。