产品成本高。以生物航空燃料为例,其成本是石油航空煤油的数倍,在成本上没有竞争优势。虽然航空公司也会购买一定数量的生物航空燃料,但考虑到成本,购买量不会很大。此外,成品油的生产还将产生外部间接成本。
即所有转化过程将不可避免地导致新的污染源,包括二氧化碳和其他污染物的排放;如果炼油后的废渣,特别是炼油废油的废渣处理不当,也会造成污染,治理污染的成本终会增加到成品油的价格中。
2012年航空公司的累计碳排放量不得超过基线的97%,2013年不得超过基线的95%。在排放制度实施初期,航空公司可以免费获得一定比例的免费排放配额,但免费配额逐年减少,非免费配额需要通过有偿拍卖获得。