老根呈灰褐色。荔枝根系与真菌共生,形成菌根,为总状分枝式。不同品种,树表皮的色泽和糙度有差异。水东黑叶、大造等品种的树干灰白色,表皮较光滑,黑叶、糯米糍、禾荔等品种,树干黑褐色,表皮较粗糙。
3~10个支穗组成一个侧穗。6~20个侧穗和若干腋侧穗组成一个聚伞圆锥花序。荔枝花序上小花着生的疏密因品种而异。
荔枝叶为偶数或奇数羽状复叶,小叶一般2~5对,对生或互生。其中禾荔复叶由1~8片小叶组成,以2~4片小叶较多。荔枝小叶椭圆形或披针形或卵圆形,长5~16厘米,宽2~5厘米,柄短,先端渐尖荔枝树。