荔枝根系因苗木繁殖方法不同而异。实生树及嫁接树有发达的主根;高压(圈枝)繁殖的荔枝侧根须根发达,没有主根。荔枝的根系由很多粗壮发达的侧根和纤细茂密的细根所组成,初生的幼根白色,肉质,质脆易断,俗称“豆芽根”。
土层瘠薄或地下水位高,树冠较小;土层深厚肥沃,树冠较大。驳枝繁殖的植株主干不明显,且多为3~4条主干,成多干型,树冠较开张,成半圆头形;实生植株,主干明显,成单干型,树冠多成圆头形。
由叶芽抽出带叶的枝条称营养枝。一般长度为20~30厘米,徒长枝长达60~100厘米。末次梢营养充足生长良好,次年能抽穗开花者,称为结果母枝。