冷藏集装箱运送冻结货时通常使用温度应不-18℃。通常英尺冷冻集装箱,平均降温速度为31.3℃ /h(空箱);但装货后,由于货物热容量较大,降温速度会大大减慢,有时达到设定温度要求需要15-16h。若进货温度较高,则达到设定温度需要2-3天。
冷藏集装箱的一些货物可能要求湿度控制或者大量的新鲜空气(比如球茎花卉)。应当注意大多数冷冻装置仅能够减少湿度,并且这取决于所提供的新鲜空气的数量。人工气调储藏运输的货物需要使用能够利用氮和二氧化碳替代氧气水平的用途的集装箱,来延长已采摘的产品的保质期。这种方法适用于许多有核和无核水果,但要求具备的知识来确定适宜的气体浓度水平。
机械式冷藏集装箱也有一些缺点:如设备复杂、初始投资大、维修费用高;箱内温度梯度要大于液氮冷藏集装箱;箱内需设风机、风道系统,会增加箱内货物的干耗、脱水。