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医院排出的放射性废水常用贮存衰减法处理。医院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24钠等是半衰期较短的同位素，因此可以将放射性污水贮存于地下衰变水池内,贮存时间为10倍于半衰期,把放射性浓度降到容许排放的程度。如果放射性污水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理。中国的《放射性防护规定》要求每一微居里放射性同位素达到容许排放浓度需稀释水量1.67米3。当放射性污水浓度很高,放射性的半衰期很长，不宜用贮存法和稀释法处理时，可用蒸发法、离子交换法或凝聚沉淀法进行分离浓缩处理（见放射性废水处理）。

医院污水处理过程中排出的污泥按每张病床计，每天平均为0.7～1升，含水95%，含有污水中病原体总量的70～80%，进行消毒处理。消毒方法有加热消毒、化学药剂消毒、γ射线消毒等。加热消毒的热源通常为蒸汽、电能或生物能（高温堆肥），有的地区可以用太阳能。或者用焚烧法处理（见污泥焚烧）。化学药剂消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性钠等。用漂白粉或液氯时,有效氯用量约为污泥量的2.5%。用碱性药剂时，污泥的pH值达到12后，保持半小时以上，效果好。γ射线消毒可用60钴或一些裂变产物的混合物作辐射源，辐射剂量为20～30万伦琴。用此法对污泥消毒不产生臭气，并可改善污泥的脱水和沉降性，但费用较高。

根据国家环保总局的有关规定（国家环保总局.医院污水处理技术指南.2003.12（环发（2003）197号 ），将各类医院按性质分为综合医院和传染病医院两类，与卫生系统对医院及医疗机构的划分方法有差别。其中传染病医院指传染性疾病专科医院和带传染病房的综合医院，综合医院为不带传染病房的综合医院和各类非传染性疾病的专科医院。医院污水净化包括综合医院、中医医院、中西医结合医院、民族医院和专科医院（传染病医院（包括结核病院）、心血管病医院、肿瘤医院、口腔医院、妇产科医院和精神病医院等等）各类医院污水的处理，同时也包括疗养院、康复医院等其它医疗机构和兽医院的污水处理工程。