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化石是经过自然界的作用，保存于地层中的古生物遗体、遗物和它们的生活遗迹。大多数是茎、叶、贝壳、骨骼等坚硬部分，经过矿物质的填充和交替作用，形成仅保持原来形状、结构以至印模的钙化、碳化、硅化、矿化的生物遗体、遗物或印模。化石是人类探寻生物历史发展的主要密码。

化石既然是生物的遗存，对其进行鉴定，要遵循生物分类的方法，这是研究生物的一种基本方法。生物分类主要是根据生物的相似程度（包括形态结构和生理功能等），把生物划分为种和属等不同的等级，并对每一类群的特征进行科学描述，以弄清不同类群之间的亲缘关系和进化关系。分类的依据是生物在形态结构和生理功能等方面的特征。分类系统是阶元系统，从大到小分为七个级别：界、门、纲、目、科、属、种（种是基本单元），亲缘关系接近的种划归为属，近缘的属归为科，科隶于目，目隶于纲，纲隶于门，门隶于界。这些单元的上下，还可以附加次生单元，如超纲、亚纲、亚目、超科、亚科等等。

看到标本，要进行仔细地观察，很多时候，我们看到的化石标本，都不是的，或多或少有残缺和破损，加上没有细致的修理，很多特征无法完全的展现出来，这个时候，不能有主观臆断，看到多少，就凭多少来鉴定。同时，因为生物存在个体差异，要尽可能的多观察同类的标本，有时候，这种个体差异会造成很大的误判，一个生物被鉴定为好多个种，然后又重新合并回去，古生物领域这种例子非常多。对标本进行分析，需要了解标本的结构特征，并且掌握正确的形态术语，在这个基础上，对标本的特征进行观察和描述，同时做好记录。

一般情况下，大家能根据经验对标本做出鉴定，很多人都知道这个是王冠虫，这个是莱德利基虫，当遇到不熟悉的标本，则根据相似程度，在脑中搜寻“象”的物种来套上去，很多时候，问题就出在这里。三叶虫大家都认识，但却没有几个人能准确地说出各个“零件”的学名，而有时候，一个零件的区别，就能相差一个属，甚至一个科，特别是当标本不完整的时候，一个零件的作用就更大了，只有对各个部位的特征做出非常详细的分析比对，才能做出判断。系统的掌握一个物种的结构特征，多花一些功夫来记忆各部位的学名，对发展爱好非常有帮助，一知半解是不可能真正提高收藏水平的。

比如下图这一块贵州的三叶虫（简称X）化石，之前已经有鉴定过，有莱德利基虫、宽背虫两种主要意见，照片大都不太清楚，只有一张尾部的还算不错，从张照片上能看到。X虫的尾部占身体的比例比较大，而莱德利基目的三叶虫，尾部都不太发育，所占身体比例也比较小。后来得到了更清楚的照片，发现尾部有一对长长的侧刺，光凭这个就能肯定，不是莱德利基虫目了，而且侧刺的这个特征，相信是一部分网友鉴定为宽背虫的原因，实际上我们看宽背虫的图片，它的长刺，并不是尾部上的，而是胸部的肋刺，宽背虫科的肋刺，从第四个胸节起，开始逐渐向后变粗变长。

除了植物和动物的身体化石，古生物学家还研究动物的足迹和足迹化石，甚至动物粪便化石(称为粪化石)。这些化石很有启发性，因为它们揭示了史前动物是如何运动和吃什么。
化石记录，即世界上所有化石的收集，对于我们理解地球的历史是非常重要的。化石告诉我们哪些植物和动物在史前时期存在，它们生活在哪里。它们还告诉我们它们生活的年代。根据化石在地壳各层的位置，古生物学家可以确定哪些动物先于其他动物，哪些动物生活在同一时期。
利用碳年代测定法，古生物学家有时可以估计化石的年龄。这就提供了化石被发现的岩层的年龄，这就帮助科学家们确定所有其他物质的年代。如果没有化石，我们对地球早期历史的了解将会更加不完整。

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