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生产蛋白饲料的关键是筛选和培养具有优良特性的菌种，理想的微生物菌种应具备下列条件：
（1）安全性好，活性强；
（2）能够利用多糖的混合物；
（3）能较好地同化基质碳源和无机氮源；
（4）能够深入到物料中，也能穿入基质细胞内；
（5）生长迅速，抗杂菌能力强，染菌概率小；
（6）可以在含水量低的基质中生长；
（7）能够耐受高浓度的营养盐；
（8）菌体本身蛋白质含量较高。通常采用的菌种为真菌、酵母菌和霉菌，如酿酒酵母、产朊假丝酵母、热带假丝酵母、米曲霉、黑曲霉、白地霉等。
现代微生物发酵多为纯种发酵，即用纯的单一菌落进行发酵，但是，在长期的实验和生产实践中，人们不断的发现许多重要生化过程是单株微生物不能完成或只能微弱地进行的，依靠两种或多种微生物共同培养来完成，即混合发酵。合的多种菌种，增加了发酵中许多基因的功能，通过不同代谢能力的组合，完成单个菌种难以完成的复杂代谢作用。如霉菌和酵母菌的混合培养，霉菌可分解纤维素和淀粉，而酵母菌主要利用糖原，菌群的协同作用提高了对底物的利用效率及产品的蛋白质含量和营养功能，达到了更好的发酵效果。

我国饲用蛋白质资源匮乏以及非粮蛋白质资源利用率偏低，制约了畜牧业现代化进程，主要蛋白质饲料原料豆粕等长期依赖进口，成为制约我国饲料工业和畜牧业发展的瓶颈，随着我国蛋白饲料原料进口量的不断提高，蛋白饲料原料创新保障畜牧养殖业健康发展成为养殖业重要挑战，寻找和开发新的蛋白质资源成为饲料工业急需解决的问题，且伴随着饲料行业的迅速发展，饲料也逐渐向低药、低残留的趋势发展，生物发酵蛋白饲料的发展呈现一片生机，微生物发酵蛋白饲料能够使饲料中的大分子物质和营养物质分解转化为易消化、吸收和利用的小分子物质、小肽等，可溶性蛋白的增加，增加了蛋白的消化利用率，有效降解抗营养因子，提高了蛋白饲料的营养水平和利用效率，也间接增加了蛋白供给，缓解了蛋白饲料原料的供应不足，提高动物的生产性能。

植物蛋白来源广泛、供应稳定，价格远远低于动物蛋白和鱼粉，是良好鱼粉替代物。但由于其中抗营养因子的存在和氨基酸不平衡等因素，使得养殖对象的生理功能、肉质组分及生长率都会或多或少的受到影响。

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