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20世纪 80年代 , 王铁权等发现西南马中仍然存在着体高在 106 cm 以下的小型地方品种资源 , 俗称 “中国矮马”,古称“果下马”。中国矮马起源一直有两种观点 :一是立起源说 ;二是与西南马共源说。前者认为中国矮马来源于三趾马或古代一种矮小的野马,如云南野马。
作为第 4纪早期的代表动物, 云南野马化石属于早更新世时 , 分布广 , 出土量大 ;至晚更新世时 , 云南野马逐渐衰落灭绝。 后者认为起源于北方,随古羌人南迁而来。通过矮马与普通马体质外貌、体尺结构比较认为, 矮马的体尺变化是普通西南马的 “缩小”。受自然选择、遗传漂变、近交繁殖的影响,逐代积累 , 遗传分化成为现代矮马的特征 。 同时 , 以成年体高106 cm以下作为矮马的标准是人为确定的,它是一个连续的呈正态分布的数量性状 , 中国矮马则正是处在西南马下限那些低矮的马 。
西南马属地方马种中的小型马 , 是我国地方品种中仅次于蒙古马的第二大类型, 主要分布在青藏高原南部 、云贵高原及其延伸部分 , 包括云南 、四川 、贵州 、广西等地 , 呈散在分布 。其密度与自然生态 、社会生态相关 。其中 , 中国矮马根据产地不同一般分为五个类型 , 分别为广西矮马、贵州矮马、云南矮马、四川矮马和陕西矮马。
就全国而言 ,作为役用为主的马的作用已经明显降低,其存栏数量出现迅速下滑的趋势。从 1985年到2003年,大牲畜增长 36.18%,而同期马驴存栏则下降25.07%;从 1985年达到高峰以后 ,马的存栏以年均4.0%的速度递减到 2004年的763.9万头
矮小机理方面研究主要见诸于人类及家禽、猪,对马矮小机理分子遗传学方面的研究还相当缺乏。 1997年人类克隆定位SHOX基因,即位于灭活及激活的 X和 Y染色体短臂末端(Xp22.32或 Ypll.3)伪常染色体区域内。基因全长 35 kb,其中完全编码序列 879 bp。 SHOX 基因异常与人类三种疾病的骨骼异常有关:特发性矮小、软骨骨生成障碍 。 SHOX 基因缺失和突变发生率与人体生长障碍不同表型间 、人体生长生理病理有关 。在动物遗传育种方面 , 人们发现并主要集中在研究 、利用鸡的矮小基因上 , 也有关于犬 、猪的矮小基因研究报道。
设特兰矮马的身高比之我们国家产的德保矮马来说还要更矮一些，其成年后的身高只有八十厘米左右，比较极端的个体甚至只有七十厘米的身高。并且因为人类对小矮马的“矮小化”有极端变态的追求，所以设特兰矮马的身高还在不断变矮。
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