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慎重选择个体，妥善安排调运季节，在引种时，对个体的选择除注意其品种特点，特质外貌以及健康、发育情况、生产性能外，还应特别注意对其系谱的审查，查询其亲代或同胞能力的高低，有条件的还可进行遗传检测，看是否有遗传疾病，引入的个体，一般不应有亲缘关系。当然，还要考虑其年龄。再引入骑乘马调运时间上，应注意原产地和引入地间季节的差异。有温暖地区引至寒冷地区时宜于夏季抵达；而由寒冷地区引至温暖地区时，易于冬季抵达。

纯种繁育是指在本品种内部，通过选种、选配、改良培育条件等措施，以提高品种性能的一种育种方法。其基本任务是保持和发展一个品种的优良特性，增加品种内优良个体的比重，克服该品种的某些缺点，达到保持品种纯度，提高品种品质的目的。

我国大部分马地方品种，都是在各种特定的生态条件下，经长期培育而成，是我国极其丰富的遗传资源。它们共同的优点是体质健壮、耐粗饲、能适应当地的自然条件和社会经济条件。但是，它们的选择程度较低群体的外貌，体尺，性能等都不一致，参差不齐。为了保持该品种的优良特性，又要客服它的缺点，就可以采取本品种选育的方法，如三河马通过组织核心群，选择优良公马，进行个体选配和加强后代培育等有计划的选育工作，1955年时公马平均体高153厘米，而到20世纪70年代，公马体高已超过160厘米，河曲马1969年公马体高140厘米左右，1982年提高至145厘米。其他如哈萨克马通过本品种选育都有较大提高。

在以上章节中，已经分别阐述了按外貌、体尺类型、血统来源、生产能力、系谱和后代的品质来选择马的方法。但要选出合乎种马要求的个体，好是按上述指标综合选种，这样，可防止出现偏差，但也要在不同的育种阶段分清选择主次，各有侧重，如育种初期，应将体尺类型作为，而体尺类型基本达到育种要求后，选择的就转到体质外貌，后转到生产性能提高上。当然，血统来源和后代品质在育种阶段都应重视。
选配就是在选种的基础上，按照人们的育种需要，有目的、有计划地选择合适的公马和母马交配，以获得优良的后代。根据交配个体时间的表型特征或亲缘关系，通常将选配方法分为品质选配和亲缘选配。

另一种选配是异质选配，即选择具有不同性状的公母马交配，以期将两个性状结合在一起，从而获得兼有双亲不同优点的后代，或者选择同一性状但优劣程度不同的公母马交配，以良好的性状纠正不良性状，使后代获得较大改进和提高。例如：用、公马与二级、三级母马交配。但不能用凸腰的公马与凹腰的母马交配。

即根据交配双方的亲缘关系进行交配，可分为近交和远交，如亲子、祖孙、叔侄，全同胞间交配叫近交，远堂兄妹之间交配叫远交。近交既能巩固个体的有益性状，也会使近交后代生活力下降，适应性变差，繁殖力降低。因此，慎重地、巧妙地应用。对于马驴的选配，无论采用哪种方法，都要考虑配偶双方的年龄。凡是青年和年龄的个体都要选择壮龄的配偶，而青年或老龄公母之间不能交配。