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海参体内含有18种氨基酸，其中甘氨酸、精氨酸和谷氨酸含量远远其它氨基酸。另外，刺参的必需氨基酸含量明显其它海参。氨基酸是合成蛋白质的物质基础，具有的营养和价值。

海参皂苷为海参所特有的一类三萜皂苷，是海参的主要次生代谢产物，也是其进行防御的化学物质基础。现代药理活性研究表明海参皂苷具有、抗肿瘤、抗菌、等多种生物活性。

不同的涨发方式会造成海参干品中营养物质的流失。常温水发造成铜、铁、锌、钙、镁、磷的损失率在73.25%-73.81%之间，高温水发的损失率为92.17%-92.95%，常温碱发时的损失率为76.79%（除镁离子以外），其它化学元素损失率均在93.38%-95.24%。另外，三种涨发方式均会造成海参干品中赖氨酸、组氨酸和精氨酸的流失，常温水发赖氨酸损失率为61.63%，高温水发为72.61%，常温碱发为79.46%，组氨酸的损失率依次为15.24%、52.86%、35.71%，精氨酸依次为26.11%、54.68%、70.14%。