利用冷藏集装箱运输水果时，应考虑水果的呼吸作用和乙烯的催化作用，控制冷藏集装箱内的温度。气体法是一种比较普遍的方法，它意味着用气密材料包裹果蔬，使果蔬不能与同一种气体交流，果蔬根据自身的呼吸作用，使贮藏环境的气体含量达到适当的标准。可以适当地跳入机身，保持各种机身的平衡。其次是连接基调法。该方法是指通过检测设备检测并调整冰箱内部的气体含量，以使设定的基准与冷藏集装箱内部的各种气体的成分一致。

在二手冷藏集装箱制冷装置运行过程中，蒸发器盘管上会形成冰层，这取决于设定温度、货物温度、通风装置的新风量和货物湿度。制冷装置会定期进入除霜状态，一系列电加热装置会产生热量或向蒸发器盘管内吹入热空气。此时所有风扇将停止旋转，以防止热空气进入货舱。但是，由于回风温度传感器位于制冷机组附近，因此可能会记录温度升高。因此，除非经过数据记录软件处理，否则温度记录会显示与除霜间隔一致的周期性温升。如果除霜时间很短，每小时的温度读数和除霜时间可能会有一些差异。

有时在行程时间较短的情况下使用的另一种制冷系统是全损耗制冷，其中使用冷冻的二氧化碳冰（或有时是液氮）进行冷却。低温冷冻的气体缓慢蒸发，从而冷却容器并从中排出。只要系统中有可用的冷冻气体，容器就会被冷却。这些已在轨道车中使用多年，可提供长达17天的温度调节。虽然(上海冷藏集装箱租赁)冷藏集装箱在航空运输中并不常见，但通常使用全损耗干冰系统。这些集装箱有一个装有固体二氧化碳的腔室，温度由恒温控制的电风扇调节，空运版本旨在保持温度长达100小时左右。