土壤污染的主要因素有:农用残膜、放射性元素、病菌物质,重金属、抗生素、化肥农药,影响农作物生长和农产品品质进而影响人类健康。然而,微生物肥料修复土壤的基本原理是在适当的条件(水分、温度、pH值等)下,肥料中的微生物菌群与土壤中原有的有益微生物共同形成优势菌群,促进土壤生态系统中碳、氮、氧等元素的良性循环,从而修复土壤生态环境系统,使生态系统达到新的稳定的平衡。其中,微生物肥料对无机污染物的修复机理是微生物肥料进入土壤生态系统后,好氧菌、厌氧菌等微生物益生菌群,通过自身的生物反应,降低土壤的酸度,提高土壤的pH值,从而降低土壤中有害重金属的毒害。