本品属蛋白质结合色素,是蓝藻中卟啉类色素蛋白,与蛋白质有相同的性质。蓝色颗粒或粉末。溶于水。不溶于醇和油脂。乙醇等有机溶剂会导致藻蓝蛋白不可逆的变性。其水溶液的颜色为鲜艳的蔚蓝色。每个藻蓝蛋白单体由a亚单位和b亚单位组成,其单体(ab)分子量4万d左右,pH6.5-8.0时以三体(ab),pH4.5-6.0时,以六体(ab)形式存在,分子量23万d左右。不论以单体、三体或六体形式存在,在可见光下均呈现出美丽的蓝宝石颜色,色泽鲜艳,经测定在多种理化因素下都是相当稳定的。
生物学、化学和细胞学实验的特殊试剂:藻蓝蛋白蓝色并有荧光,可作为生物学、细胞学一些光动力学的研究试剂。 也可作为生化标记使用。藻蓝蛋白的另一作用是荧光剂,其荧光功效是普通荧光素的30倍。