后，我国加强了对流失文物的追讨，并设置了的资金用于回收文物。
在这个大背景下，我国的不少文物相继回归国内，其中圆明园十二兽首中的牛首、虎首、猴首、猪首、马首、兔首、鼠首已经回归我国，龙首也在台湾地区收藏，不过蛇首、羊首、鸡首和狗首至今下落不明。
鼠首和兔首是在1860年被英法联军抢去后，一直流失在海外，后来现身法国博物馆，并做过短暂的展出。
2009年，法国佳士得拍卖公司举办了“伊夫圣罗兰与皮埃尔贝杰”专场拍卖会，在这场拍卖会上，鼠首和兔首被公开拍卖。出于对我国文物被公开拍卖行为的不满，厦门心和艺术拍卖有限公司董事长蔡铭超以1400万欧元的价格拍卖下了兔首和鼠首，但蔡铭超拒绝付款，导致鼠首和兔首流拍。
随后兔首和鼠首被法国皮诺家族买下，并在2013年无偿地捐给了我国。现在兔首和鼠首收藏在国家博物馆。
牛首在1860年被列强抢去后，一直流失在海外，曾被美国的一个家庭用作花园的装饰品。
20世纪80年代，牛首出现在了苏富比拍卖会上，被台湾企业家蔡辰男购得。2000年，牛首出现在了香港的佳士得拍卖会，被中国保利集团以774.5万港元拍下，之后一直收藏于保利艺术博物馆。
马首被英法联军抢去后，一直流失在海外。2007年，马首出现在了苏富比拍卖会上，被澳门赌王何鸿燊以6910万港元的巨资拍下，何鸿燊承诺要将马首捐赠国家，这在当时引起了轰动。
随后两年，马首在澳门赌场展出。2009年，何鸿燊家族将其捐给了祖国。文化和旅游部、国家文物局为迎接“骏马”归来，在国家博物馆举行了捐赠仪式，祖国人民共同见证了这一时刻。
猪首被英法联军抢去后，一直流失在海外。1987年，猪首被美国的一家博物馆购去。2003年，猪首又被澳门赌王何鸿燊买下，并将其捐赠给了中国保利集团。购买猪首的资金数额，保利集团没有透露，但据说价格低于700港币，这个价格要低于何鸿燊2007年购买马首的价格。
猪首目前收藏在保利艺术博物馆。
猴首被英法联军抢去后，一直流失在海外。20世纪80年代，猴首出现在了佳士得拍卖会，并被中国保利集团以818.5万港元购得。猴首目前保存于保利艺术博物馆。
龙首被英法联军抢去后，一直没有现身，但在2009年，台湾收藏家王度在接受采访时说，龙首在台湾，并且龙首的状态非常良好。
龙首的收藏家曾打算将龙首拍卖变现，但是鉴于鼠首和兔首在拍卖过程中遭遇的风波，该收藏家终止了拍卖计划。
2018年，疑似龙首的藏品出现在法国的一家小型拍卖会，并被华人收藏家以2400万的价格购得。
美国的《世界日报》曾报道，美国的华人郑安迪，曾用1000美元在旧货店购得了一个狗首铜像，从外观看，很像圆明园十二兽首中的狗首，但是郑安迪财力有限，不能确定狗首的真假。
从后来的结果看，这尊狗首铜像并不是真的圆明园流失的狗首，所以狗首至今下落不明。除狗首之外，蛇首、鸡首、羊首3尊圆明园兽首铜像也是毫无音信，希望它们早日出现，并回归祖国。
