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通常那些外形似化石却不具有化石内部结构和构造的无机产物，比如地层中的矿质结核、硬锰矿的树枝状沉淀（树枝石）等不能视为化石，这些无机结构称为假化石。另外，化石是保存在地史时期形成的岩层中，而埋藏在现代沉积物中的生物遗体，或者人类有史以来的考古文物都不属于化石

地层中保存的假化石：这些“假化石”主要是由于沉积作用、岩浆活动、构造运动或其他机械作用或化学作用所造成的，与生物作用无关，因此与化石有着本质的区别。

树枝石：又称模树石、松石、松屏石、醒酒石、婆娑石等，是一种树枝状的薄膜，通常在岩层的裂隙面分布，由于其形似植物（树枝、苔藓、藻类）的印痕，故常被误认为是植物化石。但树枝石是氧化锰饱和溶液沿岩石裂隙渗透沉淀的结果，此过程没有生物作用参与，故不能称为化石