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监督检查是对生产企业的质量能力进行定期复查，使企业坚持实施已经建立起来的质量体系，从而产品质量的稳定。这是一项认证质量的监督措施。监督检查的内客要比体系检查简单一些，是查看前次检查的不符合项是否已经得到有效改正，质量（环境）体系的修改是否达到质量和环境指标的要求。



先，两个标准的适用范围不同，ISO22000比GB/T27341的适用范围更广。ISO22000:2005《食品管理体系-食品链中各类组织的要求》，适合于食品链中的各类组织，包括直接介入食品链中的组织，包括但不限于饲料加工者，收获者，农作物种植者，辅料生产者，食品生产者，零售商，食品服务商，配餐服务组织，提供清洁和服务、运输、贮存和分销服务的组织;也包括其他间接介入食品链的组织，包括但不限于设备、清洁剂、包装材料以及其他与食品接触材料的供应商。GB/T27341-2009《危害分析与关键控制点体系食品生产企业通用要求》，适合于食品生产(包括配餐)企业。
尽管两个标准均以HACCP的7个基本原理为核心，以CAC《危害分析与关键控制点体系及其应用准则》12个步骤为主线制定的标准，但连个标准在结构与内容上存在一定的差别。ISO22000标准完成参照ISO9001:2008标准结构;GB/T27241标准前面部分参照了ISO9001:2008标准结构，第7部分完全引用了CAC《危害分析与关键控制点(HACCP)体系及其应用准则》12个步骤。在内容上各具特色，ISO22000标准特别强调了在食品链中相关方之间沟通的重要性，为了确保食品链每个环节中所有相关的食品危害均得到识别和充分控制，沿食品链进行的沟通。组织在食品链中的上下游的组织间均需要进行沟通。与顾客和供方关于确定的危害和控制措施的沟通将有助于澄清顾客和供方的要求。同时强调了“确认”和“验证”的重要性，在标准多处提到了确认和验证的要求。GB/T27341标准特别强调了“食品防护计划”的重要性，食品防护计划是为了保护食品供应，免于遭受生物的、化学的、物理的蓄意污染或人为破坏而制定并实施的措施，是HACCP计划的必要补充。